Si besoin il y a je recommande aussi de places tous ls PDF dans une repertoire et d’en interdire l’acces a GG via robots/htaccess.

Sinon, mon constat est que le nofollow sert juste à ne pas transmettre de jus. En aucun cas il empêche l’indexation.

Si on ne veut pas que les PDF soient indexés, je conseillerai de les mettre tous dans un même répertoire avec un disalow dans le htaccess.

Si on ne veut pas que les liens dans le pdf soient suivis, je n’ai pas de solution.

Google indexe tout ce qu’il trouve par tous les moyens possibles (toolbar, liens dans gmail, twitter, etc.). Il est plus difficile de ne pas faire indexer un document que le contraire.
Attention, quand je dis indexation, ça ne veut pas dire bon positionnement hein !

Je trouve dommage de techniquement donner des possibilités via l’en-tête HTTP nofollow et de finalement ne pas respecter ces directives. As-tu déjà pu noter une prise en compte de cette information malgré ce que dit Google ?

Et finalement pourquoi d’ailleurs ? Quel intérêt pour le moteur de ne pas permettre de bloquer les liens dans un document PDF à l’instar de ce qu’on peut faire dans une page HTML quelconque ?

Je favorise donc le noindex.